何処かに解説している所は無いんでしょうか?
中には名前をみれば分かるものもありますが...
(私の理解している範囲で...)
4.3.1JP /usr/local ソフトリスト:
(アルファベット順、ソフトと思しきもののリスト。よって、etc, lib, share は外しました)
○EmbeddedBookmarks…ブックマーク
○Pictureviewer…ピクチャービューアー
○PuppyBrowser…パピーブラウザ
△apps…下に何やら色々
○autoconnect…ネットワーク自動接続
△bin…下に何やらコマンドが...
△cpu-freq…CPUクロック設定

△fullerscreen

△glib2.18…glib2 2.18


(こういうものが有るとは知りませんでしたので、glib2 2.18 は自分でインストールしました)
△jwmconfig2

△jwmthememaker…JWMテーマ作成

△net_setup…ネットワーク接続設定

△pbackup…バックアップツール

△pburn…CD-R/RWライタ

△pcd…CDプレーヤー

△petget…PETget
△pfilesearch…ファイル検索

△pfind…検索(pfilesearch との違いは)

△picpuz…画像圧縮

△pmirror…ミラーツール

△ppg

△pprocess…プロセスモニタ

△pschedule…スケジュール管理

△psip

△pstopwatch…ストップウォッチ

△pstreamvid

△psync

△ptimer…タイマー

△sfsconvert…SFSコンバート

△xfprot

△you2pup

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なお、検証も大歓迎です

記号の意味:
○…確認済み(動作確認)
△…未検証
▲…検証済み(動作不可)
×…使用不可